Pivovar uvádí založení roku 1379, i když v roce 1367 je zde znám augustiniánský pivovar. Panský pivovar míval svého předchůdce, ve kterém se pivo vařilo přímo v třeboňském zámku. Když v 16. století vrchnost odebrala třeboňským měšťanům právo vařit bílé pivo, tak mohli vystavovat pouze červené a smíšené pivo. Sama pak začala zásobovat poddanské vesnice, neboť nový panský pivovar vařil až tři várky týdně. Když se začal stavět v roce 1584 rybník Rožmberk, muselo město postoupit vrchnosti za náhradu svůj pivovar, neboť panský nestačil zásobovat tak velký počet dělníků. V obecním pivovaru pak vladař Vilém vařil jen červené a staré pivo, a to ročně 30 varů po 21 věrtelích piva. Původní lhůta tří let se protáhla až do roku 1592. Tehdy Petr Vok z Rožmberka obecní pivovar městu opět vrátil. Třeboňské panství, hlavní surovinová základna a odbytiště panského pivovaru, utrpělo v době třicetileté války značné škody. Je zřejmé, že za tohoto stavu nemohl dobře prosperovat ani vrchnostenský pivovar, který v letech 1613 - 1622 patrně vůbec nevařil. Po vyplenění, kdy v něm zůstalo pouze několik velkých kádí, zahájil provoz někdy v roce 1623 a vařil bílé, staré a smíšené pivo. Podle stavu panství se zdá, že musel zápasit s nedostatkem surovin a patrně i s odbytem. V 17. století začala nová éra pivovaru. Nedobrý stav pivovaru donutil majitele panství ke stavbě nového objektu pod hrází rybníka Svět poblíž Zlaté stoky. V 90. letech 17. století již byly postaveny základy a část hlavních zdí. Stavba se zde však nerealizovala. Příčina byla prozaická. Za vším stála obava z toho, že odlehlost budovy může později zavdávat personálu příčinu k nepoctivým manipulacím s pivem, a tím by docházelo k okrádání vrchnosti. Proto byla stavba zastavena. Novou éru vrchnostenského pivovarnictví předznamenává stavba moderního panského pivovaru na místě dřívější rožmberské zbrojnice mezi Svinenskou a Novohradskou bránou. Italskému staviteli Giacomo de Maggi byl zadán úkol, aby navrhl takový objekt, v němž by se mohl vyrobit a uskladnit slad na 9 měsíců pro 110 až 112 varů a kapacita sklepa měla dosáhnout 30 - 40 sudů. Když Ferdinand kníže z Schwarzenbergu vydal 9. dubna 1668 povolení k zahájení stavby, začali ji realizovat již zmíněný Jakub de Maggi se svým synem Janem.