Synagoga stávala na západním konci Malého náměstí, projekt byl vypracován významným architektem Jakobem Gartnerem na počátku 90. let 19. stol. Byla vybudována v maursko-orientálním slohu a vysvěcena roku 1893, ale svému účelu sloužila bohužel pouze do období okupace. V noci z 11. na 12. srpna 1941 kompletně vyhořela a 15. června 1942 byly podle rozkazu nacistů odklizeny zbytky stavby. Požár i demolice synagogy byla tajně zachycena na amatérský film jedním holešovským občanem Dnes tuto tragickou událost připomíná pamětní deska a dvě smuteční vrby.