Ku kláštoru patrili dve záhrady. Väčšia bola na východnej strane kláštora a boli v nej dve studne. Tretia studňa bola pri kuchyni na kláštornom dvore, v priestoroch menšej, južnej záhrady.
Po komunistickom prevrate v roku 1948 začali perzekúcie, ktoré sa dotkli aj františkánov. Malacký kláštor zanikol v roku 1950. Františkánske gymnázium bolo po poštátnení zmenené na Štátne gymnázium v Malackách a z osemročného štúdia sa stalo štvorročné. V roku 1963 sa škola z pôvodných priestorov františkánskeho kláštora presťahovala do nových priestorov na ulici 1.mája.