Baznīcas uzcelšanas gads nav precīzi zināms, bet hronikās tā pirmo reizi minēta 15. gadsimta sākumā. Notiekot dažādiem kariem un mainoties varām, Ģertrūdes baznīca ir ļoti cietusi – vairāk kā 600 gadu laikā tā nopostīta un pēc tam atjaunota septiņas reizes. Baznīca atradās ārpus Rīgas pilsētas mūra, priekšpilsētā.